Die Klinik hat seit 1999 das Zertifikat nach DIN EN ISO 9001 in Verbindung mit den Kriterien der DEGEMED e.V. für das Qualitätsmanagement auf allen Ebenen der Leistungserbringung. Regelmäßig finden Überwachungsaudits statt.
2006 wurde die AHG Klinik Schweriner See Mitglied des Deutschen Netzes Rauchfreier Krankenhäuser und erhielt das Silberzertifikat der Europäischen Union.