Für eine sinnvolle Behandlung ist die korrekte Diagnose entscheidend. Kopfschmerzen sind zunächst keine Diagnose, sondern ein Symptom. Körperliche Erkrankungen, die zu chronischen Kopfschmerzen führen, müssen deshalb zwingend ausgeschlossen werden. Wichtige Ausschlussdiagnosen beim Kind sind Hirntumore bzw. andere Erkrankungen, welche mit Hirndrucksteigerung einhergehen. Weiterhin müssen Aneurysmen und andere Gefäßerkrankungen, Neuritiden, Glaukom, Fehlsichtigkeiten, arterieller Hypertonus , Entzündungen der Nasennebenhöhlen ausgeschlossen werden. Diese Basisdiagnostik sollte schon vor der Rehabilitation erfolgen und besteht in neurologisch-internistischer Untersuchung, augenärztlicher Untersuchung, HNO- ärztlicher Untersuchung, EEG und bildgebenden Verfahren (bevorzugt MRT des Neurocraniums).

Erst nach Ausschluss dieser Erkrankungen können die idiopathischen Kopfschmerzen als eigenständige Diagnosen eingeordnet werden. Entsprechend neuerer Studien leiden ca. 60 % dieser betroffenen Kinder an Spannungskopfschmerzen, bei ca. 12 % handelt es sich um eine Migräne.