Der Behandlungsverlauf und die Prognose können sich durch verschieden Komplikationen verschlechtern.

Neben einer Aufschwemmung des Hirngewebes (Hirnödem) kann sich ein Aufstau des Nervenwassers (Liquor) in den Hirnkammern (Ventrikeln) zum so  genannten Wasserkopf  (Hydrocephalus) entwickeln.

Die Entzündung kann sich auch auf die Blutgefäße des Gehirns (cerebrovaskulär) auswirken. Durch die resultierende Verengung der versorgenden Adern (Vasospasmus der Arterien) sind Schlaganfälle einerseits, bei den ableitenden Blutgefäßen (Venen) die Bildung von Blutgerinnseln (Sinusvenenthrombose) möglich.

Nicht nur als Symptom bei Beginn, auch als Komplikation sind epileptische Anfälle bekannt.

Bei Mitbeteiligung der Hirnnerven kommt es beispielsweise zu Hörstörungen.

Neben der intensivmedizinischen Überwachung mit gezielter Diagnostik zur Früherkennung auftretender Komplikationen (z.B.: Computer- oder Kernspintomografie, Dopplersonografie der Hirngefäße, Hirndruck-messung mittels Sonde) ist die Therapie medikamentös und teilweise operativ ( Hirndruckmesssonde, Ventrikeldrainage) notwendig.

Durch diese Maßnahmen hat sich die Prognose deutlich verbessert.

Nach Abschluss der Akutbehandlung können eventuell verbleibende neurologische und/oder neuropsychiatrische Folgen in den neurologischen Rehabilitationskliniken der AHG behandelt werden.